在使用知网系统进行本科毕业论文查重时，首先要注意论文格式的规范性，包括文献引用格式、参考文献格式等。其次，要注意论文内容的原创性，避免抄袭现象。另外，及时保存论文初稿和查重报告，以备后续查证。此外，还要留意知网系统的查重要求，比如设置合适的查重比例等。

在使用知网系统进行本科毕业论文查重时，还需注意避免过度依赖查重工具，应该结合自己的理解和分析，主动检查论文质量。同时，要留意知网系统的查重范围，确保所有内容都被覆盖到。另外，可以多次查重并对比结果，及时调整论文内容，提高查重通过率。最后，注意保护个人信息和论文内容安全，避免泄露。